<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2604" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear all,</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I installed the Linux version of Buster-TNT last 
week but met two errors when using it.</FONT></DIV>
<OL>
  <LI><FONT face=Arial size=2>The script to produce TNT sequence file did not 
  work. When I execute the following commend in Linux shell:</FONT></LI></OL>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
$BDG_home/bin/buster/pirToSeq.pl -m &lt; test.pir &gt; test.seq</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It always gave me 
the following prompt</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
pirToSeq usage: [-m] [-s offset] &lt;PIR&gt; 
&lt;SEQ&gt;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-m&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : the user is prompted with chain 
type<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
(useful in case of 
complexes)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-s offset : number of first residue in PDB 
file<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&lt;PIR&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : PIR file as for 
ARP/wARP<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
&lt;SEQ&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; : output sequence file in TNT 
format<BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The output 
file test.seq is empty and I have to create it by manual input.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.&nbsp;&nbsp; When press 
Start button on http browser for a new Buster job, I always received an error 
message as follows.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ERROR in 
/home/xray/wliu/software/buster/buffet/cgi-bin/inputform.cgi</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; The following return values are 
set:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; * Child error = 
0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; * OS error = Inappropriate ioctl for 
device<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; * Eval error = 0 </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Error message&nbsp; :&nbsp;&nbsp; Error parsing the 
mtzdump output 
of<BR>/home/xray/wliu/software/buster/users/wliu/tphr_oligo34.buster/datafiles/tphr_oligo34.mtz<BR>Cell/symmetry/resolution 
information is missing <BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
However, my mtz file was created by CCP4 5.02 and all information are presented 
inside. Even if I copied a data file form tutorial directory in 
$BDG_home/busterfiles/datafiles/, the error was still there. As a consequence of 
this error, I cannot continue to run the program.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Any help 
will be highly appreciated.&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>With kind regards</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Wei Liu</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Ph.D.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Center for Structural Biochemistry</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Karolinska Institute</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Novum 14157, Huddinge</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Sweden</DIV></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>