<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>

<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
Dear buster users,<br>
<br>
I use Buster for X-ray structure refinement. I have solved the
structure by MR. I am working about a protein complex with DNA. The map
obtained allows me to construct DNA with alternative conformation.<br>
<br>
I used this command line : 'refine -p <i>my</i>.pdb -m <i>my</i>.mtz
-M TLSbasic&nbsp; -d <i>destfolder</i>'<br>
I work on MacPro with OS : 10.5.11<br>
<br>
This command line start the run, but it stop with this error message : <br>
<br>
'ERROR : [run_buster-0043] although the inital sanity check<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; passed we got an error from BUSTER and/or GELLY -<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; something unexpected must have happened (see<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14/01-BUSTER/Cycle-1/gelly_sanity_test.log)<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp; grep: warning: recursive search of stdin<br>
&nbsp;&nbsp; grep: warning: recursive search of stdin<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;ERROR : [refine-0049] problems in run_buster: see messages<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; above'<br>
<br>
When i see the message above, i can find this : at the end :<br>
&nbsp;'Initial functional value =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57936.1 rms gradient= NaN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;*** ERROR rms gradient is NaN - not a number<br>
&nbsp;*** ERROR normal reason for this is zero/zero programming error'<br>
<br>
I have tried to remove the header of my pdb and resave my pdb. But i
observed no effect for this error. <br>
Precedently i used Buster with the same command line, the same
computer, and the same model but less refine and there was no problem.<br>
<br>
I appreciate any suggestion.<br>
<br>
Nicolas. <br>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Nicolas Foos, PhD Student
Molecular Transport &amp; Signalling
AFMB UMR 6098 CNRS/UI/UII Case 932
163 Avenue de Luminy
13288 Marseille cedex 9 (France)
Tel : +33 4 91 82 55 60
Fax : +33 4 91 26 67 20
e-mail : <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Nicolas.Foos@afmb.univ-mrs.fr">Nicolas.Foos@afmb.univ-mrs.fr</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.afmb.univ-mrs.fr/">http://www.afmb.univ-mrs.fr/</a>
</pre>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.
</body>
</html>