<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Keitaro,<div>if you have a look to the various plot generated by Buster you will see that the contribution of the solvent is significative up to 5A thus it depends on what you call low resolution :)</div><div>Concerning the gap Rfree-R, you can get an estimation of the refinement behavior on the Buster wiki&nbsp;<a href="http://www.globalphasing.com/buster/wiki/index.cgi?AutoBusterExample1osgBasicNCS">http://www.globalphasing.com/buster/wiki/index.cgi?AutoBusterExample1osgBasicNCS</a></div><div>Best</div><div>David</div><div><br></div><div><div><div><blockquote type="cite"><div>Dear David (and BUSTER developers),<br><br>Thank you for your reply.<br><br>Do you mean BUSTER always use flag number 0 if FreeR_flag column<br>present in the mtz file, right?<br><br>If so, in my case the flag was correctly chosen.<br><br><br>I have still some questions:<br><br>- If superior bulk solvent model helped, I think it should improve<br>R-factors in low resolution shell.<br> &nbsp;But actually, rather high resolution shell got improved.<br><br>- Sorry I correct these values 42% and 35%, respectively:<br><blockquote type="cite">Looking at free-R value given by autoBUSTER, I noticed it is very<br></blockquote><blockquote type="cite">smaller than by other softwares (phenix.refine and refmac5 say 43%,<br></blockquote><blockquote type="cite">but BUSTER says 36%).<br></blockquote><br>And here's summary:<br><br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Rwork/Rfree &nbsp;&nbsp;&nbsp;after refinement (5 macro cycles)<br>BUSTER &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;30/35 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-&gt; 34/35<br>phenix.refine 35/42<br><br>- It means R-free by BUSTER is approximately equal to R-work by phenix.refine.<br>This is why I doubted test flag was wrongly chosen.<br><br>- And after BUSTER refinement cycles, R-work is getting higher,<br>finally, R-work and R-free reached similar values.<br>Since difference between R-work and R-free is very small -- I think<br>something is wrong with my input.<br><br><br>I will appreciate any comment,<br><br>Keitaro<br><br><br><br>2011/3/27 David Veesler &lt;<a href="mailto:david.veesler@afmb.univ-mrs.fr">david.veesler@afmb.univ-mrs.fr</a>&gt;:<br><blockquote type="cite">Hi Keitaro,<br></blockquote><blockquote type="cite">I am not a Buster developer but a thorough user and can provide you with some answers.<br></blockquote><blockquote type="cite">When you start a Buster job, you can see on the shell that Buster carries on a basic check of your pdb and mtz and directly after you can see something like that<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">##############################################################################<br></blockquote><blockquote type="cite"># refining against FP,SIGFP with: FreeR_flag<br></blockquote><blockquote type="cite">##############################################################################<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">In that case it means that Buster runs with a FreeRflag:<br></blockquote><blockquote type="cite">-the one present in your mtz if you have one with the correct name and 0 label<br></blockquote><blockquote type="cite">-or with an automatically generated one with 5% of your reflections if you don't have one matching these criteria<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Regarding your Rfree values, there is nothing surprising at all, Buster always provide better Rfree values than other refinement software and this is due in a large extent to the superior solvent model. Accordingly, if you compare the electron-density maps you will see that they are of superior quality with Buster.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">HTH<br></blockquote><blockquote type="cite">Cheers<br></blockquote><blockquote type="cite">David<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Le 26 mars 2011 à 08:02, Keitaro Yamashita a écrit :<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Dear BUSTER developers,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I have questions about running autoBUSTER 2.8.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">I'm very new to this software.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">How can I know which FreeR_flag number is used as test set?<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">And how can I tell BUSTER the correct flag number?<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Looking at free-R value given by autoBUSTER, I noticed it is very<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">smaller than by other softwares (phenix.refine and refmac5 say 43%,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">but BUSTER says 36%).<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">So I'm afraid that free-R flag number was wrongly chosen.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Thanks in advance,<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">Keitaro<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">buster-discuss mailing list<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><a href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><a href="https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss">https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss</a><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">--<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">This message has been scanned for viruses and<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">dangerous content by MailScanner, and is<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite">believed to be clean.<br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><blockquote type="cite"><br></blockquote></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">--<br></blockquote><blockquote type="cite">This message has been scanned for viruses and<br></blockquote><blockquote type="cite">dangerous content by MailScanner, and is<br></blockquote><blockquote type="cite">believed to be clean.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">buster-discuss mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss">https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote>_______________________________________________<br>buster-discuss mailing list<br><a href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a><br>https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss<br><br>-- <br>This message has been scanned for viruses and<br>dangerous content by MailScanner, and is<br>believed to be clean.<br><br></div></blockquote></div><br></div></div><br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.
</body></html>