<div dir="ltr">Hi Lothar,<div><br></div><div>Although I do not know the preferences of BUSTER, I thought it would be good to point out that phenix provides two options.</div><div><br></div><div>-1- plain French & Wilson scaling</div><div>-2- 'massage intensities'</div><div><br></div><div>The first one is an amplitude estimate on the basis of Wilson (a different Wilson in this case) statistics. This is equivalent to the CCP4 code AFAIK.</div><div><br></div><div>The second option is doing something that is obtained when you assume a flat, improper positive prior on the intensities, resulting in</div><div><pre style="color:rgb(0,0,0);word-wrap:break-word;white-space:pre-wrap">|Fnew| = sqrt((Io+sqrt(Io**2 +2sigma**2))/2.0).</pre></div><div>I derived this myself a while ago and subsequently found that this was (of course) done by (I think) David, but cannot find the reference at this point in time.</div><div>The beauty of the method 2 is that it is not sensitive to anisotropic scattering and/or pseudo centering, which can be useful in some cases.</div><div><br></div><div>I do not know what buster likes, but it is good to know that there are several options.</div><div><br></div><div>Given that this is a phenix specific email on a Buster mailing list, I have send this to you and Clemens Vonrhein only to avoid ruffling feathers.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Peter Zwart</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 24 November 2014 at 13:11,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:esserlo@helix.nih.gov" target="_blank">esserlo@helix.nih.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
  when I convert my data file from phenix.refine which uses intensities to<br>
autobuster which requires amplitudes, I have the option to<br>
"massage-intensities" which is French and Wilson scaling.<br>
My question is whether French and Wilson scaling should be applied or not. Or<br>
should I always test both ways and pick the one that gives lower R-free<br>
values?<br>
This seems like a bit of a trivial question but I could imagine that the<br>
buster developers have strong opinions about how data should or should not be<br>
treated.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
   Lothar<br>
<br>
_______________________________________________<br>
buster-discuss mailing list<br>
<a href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a><br>
<a href="https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss" target="_blank">https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>-----------------------------------------------------------------<br>P.H. Zwart<br>Staff Scientist<br>Berkeley Center for Structural Biology, Science lead<br>Lawrence Berkeley National Laboratories<br>1 Cyclotron Road, Berkeley, CA-94703, USA<br>Cell: 510 289 9246<br>SASTBX:  <a href="http://sastbx.als.lbl.gov" target="_blank">http://sastbx.als.lbl.gov</a></div><div>BCSB:      <a href="http://bcsb.als.lbl.gov" target="_blank">http://bcsb.als.lbl.gov</a><br></div><div>PHENIX:   <a href="http://www.phenix-online.org" target="_blank">http://www.phenix-online.org</a></div><div>-----------------------------------------------------------------</div></div></div>
</div>