<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Clemens,<div><br></div><div>Thanks for your response. That is exactly what I was looking for. However, there seems to be a discrepancy in the R values reported after running the rvalue program on refine.mtz and the R values in the PDB file. See below for more information.</div><div><br></div><div><b>output from "rvalue refine.mtz"</b></div><div><br></div><div><div><font face="Courier">Using test-set label: FreeR_flag</font></div><div><font face="Courier"> Using test-set value: 0 (-ifree option)</font></div><div><font face="Courier"> Using column names FC and FOSC for table of R-values</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><font face="Courier">     Resolution     --------------- shell average -------------------  ----------------- cumulative --------------------</font></div><div><font face="Courier">        [A]           Nwork  Nfree   Nall     Rwork    Rfree    Rall     Nwork  Nfree   Nall     Rwork    Rfree    Rall</font></div><div><font face="Courier"> =======================================================================================================================</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><font face="Courier">  44.187 -  12.434 :    645     30    675    0.3287   0.3201   0.3283      645     30    675    0.3287   0.3201   0.3283</font></div><div><font face="Courier">  12.434 -   9.906 :    642     30    672    0.2405   0.2833   0.2424     1287     60   1347    0.2824   0.3012   0.2832</font></div><div><font face="Courier">   9.906 -   8.664 :    630     39    669    0.2243   0.2144   0.2237     1917     99   2016    0.2636   0.2662   0.2637</font></div><div><font face="Courier">   8.664 -   7.877 :    636     34    670    0.2523   0.2341   0.2513     2553    133   2686    0.2612   0.2589   0.2611</font></div><div><font face="Courier">   7.877 -   7.315 :    648     28    676    0.2504   0.2781   0.2516     3201    161   3362    0.2595   0.2614   0.2596</font></div><div><font face="Courier">   7.315 -   6.886 :    625     27    652    0.2605   0.3367   0.2632     3826    188   4014    0.2596   0.2685   0.2600</font></div><div><font face="Courier">   6.886 -   6.542 :    656     37    693    0.2689   0.3236   0.2721     4482    225   4707    0.2607   0.2763   0.2614</font></div><div><font face="Courier">   6.542 -   6.258 :    657     26    683    0.2731   0.2386   0.2716     5139    251   5390    0.2619   0.2730   0.2624</font></div><div><font face="Courier">   6.258 -   6.018 :    611     40    651    0.2877   0.2972   0.2883     5750    291   6041    0.2642   0.2758   0.2647</font></div><div><font face="Courier">   6.018 -   5.810 :    636     31    667    0.2834   0.3674   0.2873     6386    322   6708    0.2657   0.2825   0.2665</font></div><div><font face="Courier">   5.810 -   5.629 :    648     42    690    0.2718   0.3282   0.2749     7034    364   7398    0.2662   0.2866   0.2672</font></div><div><font face="Courier">   5.629 -   5.468 :    615     34    649    0.2659   0.3341   0.2693     7649    398   8047    0.2662   0.2901   0.2673</font></div><div><font face="Courier">   5.468 -   5.325 :    641     27    668    0.2558   0.2755   0.2567     8290    425   8715    0.2653   0.2891   0.2665</font></div><div><font face="Courier">   5.325 -   5.195 :    629     34    663    0.2541   0.3128   0.2571     8919    459   9378    0.2645   0.2908   0.2658</font></div><div><font face="Courier">   5.195 -   5.077 :    644     34    678    0.2528   0.2987   0.2551     9563    493  10056    0.2637   0.2914   0.2651</font></div><div><font face="Courier">   5.077 -   4.969 :    607     37    644    0.2704   0.3070   0.2725    10170    530  10700    0.2641   0.2925   0.2655</font></div><div><font face="Courier">   4.969 -   4.870 :    631     40    671    0.2608   0.2922   0.2625    10801    570  11371    0.2639   0.2925   0.2654</font></div><div><font face="Courier">   4.870 -   4.778 :    653     25    678    0.2668   0.3367   0.2694    11454    595  12049    0.2641   0.2946   0.2656</font></div><div><font face="Courier">   4.778 -   4.693 :    662     37    699    0.2755   0.2872   0.2762    12116    632  12748    0.2648   0.2941   0.2663</font></div><div><font face="Courier">   4.693 -   4.613 :    592     34    626    0.2615   0.2917   0.2630    12708    666  13374    0.2646   0.2939   0.2661</font></div><div><font face="Courier">   4.613 -   4.539 :    634     28    662    0.2694   0.2978   0.2707    13342    694  14036    0.2649   0.2941   0.2663</font></div><div><font face="Courier">   4.539 -   4.469 :    618     38    656    0.2813   0.3963   0.2876    13960    732  14692    0.2657   0.2999   0.2674</font></div><div><font face="Courier">   4.469 -   4.404 :    659     32    691    0.2842   0.2846   0.2842    14619    764  15383    0.2667   0.2992   0.2683</font></div><div><font face="Courier">   4.404 -   4.342 :    612     32    644    0.2840   0.3879   0.2892    15231    796  16027    0.2675   0.3032   0.2692</font></div><div><font face="Courier">   4.342 -   4.283 :    621     35    656    0.2866   0.3384   0.2893    15852    831  16683    0.2683   0.3048   0.2701</font></div><div><font face="Courier">   4.283 -   4.227 :    647     24    671    0.3013   0.3543   0.3029    16499    855  17354    0.2697   0.3061   0.2715</font></div><div><font face="Courier">   4.227 -   4.175 :    586     41    627    0.3053   0.2726   0.3032    17085    896  17981    0.2710   0.3046   0.2727</font></div><div><font face="Courier">   4.175 -   4.124 :    654     33    687    0.3160   0.3481   0.3174    17739    929  18668    0.2728   0.3060   0.2744</font></div><div><font face="Courier">   4.124 -   4.077 :    649     29    678    0.3244   0.3470   0.3254    18388    958  19346    0.2746   0.3073   0.2762</font></div><div><font face="Courier">   4.077 -   4.031 :    607     35    642    0.3204   0.3716   0.3232    18995    993  19988    0.2761   0.3095   0.2777</font></div><div><font face="Courier">   4.031 -   3.987 :    622     33    655    0.3353   0.3528   0.3362    19617   1026  20643    0.2779   0.3108   0.2796</font></div><div><font face="Courier">   3.987 -   3.945 :    649     31    680    0.3357   0.3335   0.3356    20266   1057  21323    0.2797   0.3115   0.2813</font></div><div><font face="Courier">   3.945 -   3.905 :    594     31    625    0.3314   0.3110   0.3304    20860   1088  21948    0.2811   0.3115   0.2826</font></div><div><font face="Courier">   3.905 -   3.866 :    601     32    633    0.3308   0.3129   0.3299    21461   1120  22581    0.2824   0.3115   0.2839</font></div><div><font face="Courier">   3.866 -   3.829 :    675     41    716    0.3485   0.3846   0.3506    22136   1161  23297    0.2843   0.3140   0.2858</font></div><div><font face="Courier">   3.829 -   3.793 :    614     27    641    0.3410   0.4379   0.3449    22750   1188  23938    0.2858   0.3166   0.2873</font></div><div><font face="Courier">   3.793 -   3.759 :    635     41    676    0.3581   0.3924   0.3602    23385   1229  24614    0.2877   0.3191   0.2892</font></div><div><font face="Courier">   3.759 -   3.726 :    626     35    661    0.3768   0.3175   0.3737    24011   1264  25275    0.2899   0.3191   0.2913</font></div><div><font face="Courier">   3.726 -   3.693 :    622     23    645    0.3727   0.3615   0.3723    24633   1287  25920    0.2919   0.3198   0.2933</font></div><div><font face="Courier">   3.693 -   3.662 :    597     34    631    0.3760   0.3682   0.3756    25230   1321  26551    0.2937   0.3209   0.2950</font></div><div><font face="Courier">   3.662 -   3.632 :    646     27    673    0.3929   0.4591   0.3957    25876   1348  27224    0.2959   0.3236   0.2973</font></div><div><font face="Courier">   3.632 -   3.603 :    587     37    624    0.3895   0.4087   0.3906    26463   1385  27848    0.2979   0.3258   0.2993</font></div><div><font face="Courier">   3.603 -   3.575 :    645     34    679    0.3852   0.5102   0.3907    27108   1419  28527    0.2998   0.3294   0.3012</font></div><div><font face="Courier">   3.575 -   3.548 :    633     44    677    0.4040   0.3538   0.4009    27741   1463  29204    0.3020   0.3300   0.3034</font></div><div><font face="Courier">   3.548 -   3.521 :    628     30    658    0.4188   0.4693   0.4215    28369   1493  29862    0.3044   0.3331   0.3058</font></div><div><font face="Courier">   3.521 -   3.496 :    611     34    645    0.4190   0.3919   0.4176    28980   1527  30507    0.3065   0.3342   0.3079</font></div><div><font face="Courier">   3.496 -   3.471 :    594     38    632    0.4009   0.4583   0.4043    29574   1565  31139    0.3082   0.3369   0.3096</font></div><div><font face="Courier">   3.471 -   3.447 :    607     32    639    0.4046   0.3350   0.4013    30181   1597  31778    0.3099   0.3369   0.3112</font></div><div><font face="Courier">   3.447 -   3.423 :    586     27    613    0.4045   0.3554   0.4025    30767   1624  32391    0.3114   0.3371   0.3127</font></div><div><font face="Courier">   3.423 -   3.400 :    547     24    571    0.4120   0.4855   0.4152    31314   1648  32962    0.3128   0.3390   0.3141</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><font face="Courier"> =======================================================================================================================</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><font face="Courier">  44.187 -   3.400 :  31314   1648  32962    0.3128   0.3390   0.3141</font></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b>Refinemet summary in refine.pdb</b></div><div><font face="Courier"><br></font></div><div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3 REFINEMENT.</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   PROGRAM     : BUSTER 2.10.2</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   AUTHORS     : BRICOGNE,BLANC,BRANDL,FLENSBURG,KELLER,</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3               : PACIOREK,ROVERSI,SHARFF,SMART,VONRHEIN,WOMACK;</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3               : MATTHEWS,TEN EYCK,TRONRUD</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3  DATA USED IN REFINEMENT.</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 3.40</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : 45.21</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 0.0</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   COMPLETENESS FOR RANGE        (%) : 97.59</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 32962</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT.</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   CROSS-VALIDATION METHOD           : THROUGHOUT</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SELECTION   : RANDOM</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   R VALUE      (WORKING + TEST SET) : 0.2401</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   R VALUE             (WORKING SET) : 0.2389</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   FREE R VALUE                      : 0.2632</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE    (%) : 5.00</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT       : 1648</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF FREE R VALUE   : NULL</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3  FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN.</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   TOTAL NUMBER OF BINS USED               : 17</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE HIGH   (ANGSTROMS) : 3.40</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN RESOLUTION RANGE LOW    (ANGSTROMS) : 3.50</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST)     (%) : 97.59</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   REFLECTIONS IN BIN (WORKING + TEST SET) : 2678</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN R VALUE        (WORKING + TEST SET) : 0.2030</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   REFLECTIONS IN BIN        (WORKING SET) : 2544</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN R VALUE               (WORKING SET) : 0.2019</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN FREE R VALUE                        : 0.2248</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET SIZE      (%) : 5.00</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   BIN FREE R VALUE TEST SET COUNT         : 134</div><div style="font-family: Courier; ">REMARK   3   ESTIMATED ERROR OF BIN FREE R VALUE     : NULL</div><div style="font-family: Courier; "><br></div><div style="font-family: Courier; "><br></div><div>The R factors seem different unless I'm not reading it right.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Donald</div><div style="font-family: Courier; "><br></div></div><div><br></div><div><div>On Mar 10, 2015, at 12:50 PM, Clemens Vonrhein <<a href="mailto:vonrhein@globalphasing.com">vonrhein@globalphasing.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Donald,<br><br>On Tue, Mar 10, 2015 at 11:54:17AM -0400, Donald Damian Raymond wrote:<br><blockquote type="cite">Hello buster developers,<br><br>It is possible to view the R and Rfree for each resolution bin after<br>refinement? Thanks in advance.<br></blockquote><br>Yes: each refinement big cycle will have produced a file R_Rfree.mtv<br>that can be viewed with plotmtv (which is part of your BUSTER<br>installation). E.g.<br><br>  % refine ... -d 01 | tee 01.lis<br>  % plotmtv 01/01-BUSTER/Cycle-5/shell.01/R_Rfree.mtv<br><br>If you prefer a more tabular view:<br><br>  % firefox 01/01-BUSTER/Cycle-5/shell.01/R_Rfree.html<br><br>or some other browser. You could also use the 'rvalue' helper to<br>list R/Rfree in the individual bins and cumulatively:<br><br>  % rvalue 01/refine.mtz<br><br>For details please see<br><br>  % rvalue -h<br><br>Cheers<br><br>Clemens, Claus & Gerard (for buster-develop)<br></blockquote></div><br></div></body></html>