<div dir="ltr"><div><div>Thanks for reply, Clemens. Indeed, Buster was looking to the wrong perl binary. Everything is working much better now.<br><br></div>Best wishes<br></div>Kevin<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 15, 2017 at 11:39 PM, Clemens Vonrhein <span dir="ltr"><<a href="mailto:vonrhein@globalphasing.com" target="_blank">vonrhein@globalphasing.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Kevin,<br>
<br>
this looks like a mismatch between the machine BUSTER was installed on<br>
and the machine you are running it from. Or did you install BUSTER on<br>
the same machine you are running it from?<br>
<br>
Can you check what<br>
<br>
  hostname -s<br>
  uname<br>
  which perl<br>
<br>
  ls -la $BDG_home/machines<br>
  grep BDG_perl= $BDG_home/machines/*/host.<wbr>setup<br>
<br>
gives you - and does it point to the correct perl binary on that<br>
particular host? BUSTER itself is not setting @INC, so it seems like<br>
that host is getting the wrong perl binary.<br>
<br>
Some background:<br>
<br>
 * BUSTER picks up the perl location from<br>
<br>
    $BDG_home/machines/<HOSTNAME>/<wbr>host.setup<br>
<br>
   where <HOSTNAME> is set to 'hostname -s' output during installation<br>
   - so pointing to the machine name of the installation host.<br>
<br>
 * Now in principle every machine you want to run BUSTER on should be<br>
   configured afresh using the 'newmachine' administrator command,<br>
   which would create a new <HOSTNAME> entry under the<br>
   $BDG_home/machines directory.<br>
<br>
 * However, we provide a fallback for any Linux host via<br>
   $BDG_home/machines/.Linux - which is a symbolic link to the<br>
   installation host subdirectory.<br>
<br>
So if the installation host differs significantly from the machine you<br>
want to run BUSTER on, this will cause problems. In a heterogeneous<br>
environment you would run<br>
<br>
  cd /where/ever/buster<br>
  . ./setup-admin.sh<br>
  adm/bin/newmachine BUSTER `hostname -s`<br>
<br>
on each machine you want to run BUSTER on (or a representative of each<br>
OS/distro/setup you are using in your lab - and using symbolic links<br>
for all other host of the same kind). This way you ensure that the<br>
correct settings are fetched out of a central BUSTER installation even<br>
for different hosts.<br>
<br>
What you want is that any host can either fetch<br>
<br>
  $BDG_home/machines/`hostname -s`/host.setup<br>
<br>
or (if that file doesn't exist)<br>
<br>
  $BDG_home/machines/.`uname`/<wbr>host.setup<br>
<br>
How you achieve that depends on your setup: separate installation for<br>
differnet Linux distros/systems, running 'newmachine' for each host,<br>
running 'newmachine' for a representativ and then use symbolic links,<br>
...<br>
<br>
Does that help? Or maybe it is something else entirely - in which case<br>
the output of the commands above might give us a clue.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Clemens, Gerard & Andrew<br>
<span class=""><br>
On Wed, Feb 15, 2017 at 10:24:00AM -0800, Kevin Jude wrote:<br>
> I just tried to run buster on a new machine and got this error:<br>
><br>
> Can't locate Env.pm in @INC (@INC contains: /opt/my_perl/lib<br>
> /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5<br>
> /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl<br>
> /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .)<br>
> at /programs/x86_64-linux/buster/<wbr>20160324/bin/buster/addBfrg line 6.<br>
> BEGIN failed--compilation aborted at<br>
> /programs/x86_64-linux/buster/<wbr>20160324/bin/buster/addBfrg line 6.<br>
><br>
</span>>  *# error in script $BDG_com/addBfrg*<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">><br>
>   Program stopped.<br>
><br>
> My @INC path is different from where buster is searching, though:<br>
> [kjude@garcialab-b171-server ~]$ perl -e 'print  "@INC"'<br>
> /opt/my_perl/lib<br>
> /programs/x86_64-linux/perl/5.<wbr>18.2/lib/site_perl/5.18.2/x86_<wbr>64-linux-thread-multi<br>
> /programs/x86_64-linux/perl/5.<wbr>18.2/lib/site_perl/5.18.2<br>
> /programs/x86_64-linux/perl/5.<wbr>18.2/lib/5.18.2/x86_64-linux-<wbr>thread-multi<br>
> /programs/x86_64-linux/perl/5.<wbr>18.2/lib/5.18.2 .<br>
><br>
> And Env is in that path<br>
> (/programs/x86_64-linux/perl/<wbr>5.18.2/lib/5.18.2/Env.pm).  So how can I<br>
> get buster to look in the right place? Any advice will be appreciated.<br>
><br>
> --<br>
> Kevin Jude, PhD<br>
> Research Specialist, Garcia Lab<br>
> Departments of Molecular & Cellular Physiology and Structural Biology<br>
> Stanford University School of Medicine<br>
> Beckman B177, 279 Campus Drive, Stanford CA 94305<br>
> Phone: (650) 723-6431<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span><div>Kevin Jude, PhD<br>Research Specialist, Garcia Lab</div><div>Departments of Molecular & Cellular Physiology and Structural Biology</div><div>Stanford University School of Medicine</div><div>Beckman B177, 279 Campus Drive, Stanford CA 94305</div><div>Phone: <a href="tel:%28650%29%20723-6431" value="+16507236431" target="_blank">(650) 723-6431</a></div></span></div></div>
</div>