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    <p>I am currently investigating!</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Andrew<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 31/01/18 14:41, Ashley Pike wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:96D4B2775AB2BB499763EA2F174A0D7622FE5470@MBX06.ad.oak.ox.ac.uk">
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Does anyone have any tips to force buster
          to maintain planarity when refining ligands. I am refining a
          UDP-GlcNAc (UD1) and the N1 of the uracyl base is refining out
          of plane. Using the bigplanes option when generating the cif
          helps a lot but the N atom is approx. 0.1A out of the plane
          (compared to ideal or refmac refined). N1 is in same plane as
          aromatic ring but not with C1 of ribose. How to I increase
          weighting towards geometry for ligand Ė perhaps adding
          something to gelly file to modify overall weight?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Using the latest snapshot version of buster<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Resolution is 3.1A so perhaps I canít
          expect anything better.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">FWIW the cif file used was generated by
          grade from the PDB ligand entry. The cif file itself is fine
          as using to refine in coot or refmac results in maintenance of
          planarity.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Ashley<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Lower buster-refined model shows N1 of
          uracyl ring out-of-plane wrt to C1 atom of sugar on left-hand
          side (top models are coot-idealised and refmac-refined)<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><img
              id="Picture_x0020_1"
              src="cid:part1.3F413961.6410A96A@globalphasing.com"
              class="" height="218" width="849"></span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">--<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Dr. Ashley Pike<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Membrane Protein Crystallography |
          Structural Genomics Consortium | University of Oxford<o:p></o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
buster-discuss mailing list
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    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <div class="moz-signature">
        <title></title>
        ----------------------------------------------------------<br>
        <b><font color="#3333ff">Dr. Andrew J. Sharff † </font><font
            color="#3333ff">D.Phil</font></b><b><font color="#3333ff"><br>
          </font></b><font color="#3333ff"><font color="#000000">Research
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          </font></font>
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