<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear Ashley,</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Thank you for bringing this issue to our attention. We appreciate
      getting feedback / problem reports from users so we can ensure we
      continue to improve our software.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Your findings are a little unexpected but we have occasionally
      had reports about similar behaviour before.<br>
    </p>
    <p>Firstly, it is not at all surprising that you get behaviour
      closer to your expectation from a restraint dictionary from Grade
      using the -bigplanes options.† By default, Grade generates a
      series of overlapping 4-atom plane restraints (as you will see if
      you look at the standard Grade UD1 dictionary).† There is also a
      good reason for doing it this way, since some (large) ring systems
      actually show real deviation from exact planarity (e.g. FAD) and
      by using a collection of small, overlapping planes we can handle
      this. Usually, this approach is quite sufficient to maintain
      planarity in rings. However, not always. The -bigplanes option
      sees overlapped 4-atom planes conflated (where appropriate) into a
      single, large plane. In this case, if you look at the bigplanes
      dictionary you will see a single plane restraint for the uracyl
      ring, including C1.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>We have tried running BUSTER, with UD1 dictionaries generated a)
      with Grade, b) with Grade and -bigplanes and c) by CCP4, on a
      number of PDB structures that contain UD1 and thus far† we have
      been unable to reproduce your problem. Indeed, in one of the
      models we looked at, 4gx5 (a 3.1A structure) the uracyl ring is
      non-planar in the deposited model but ends up completely planar
      after BUSTER (regardless of which dictionary I use).</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>The suggestion made to you by Marco Bellinzoni may well work but
      it is an approach that we would urge caution against using, at
      least at this stage.</p>
    <p>We wonder if there is a more particular issue with the local
      environment around the UD1 that results in the C1 being forced out
      of plane of the uracyl ring? If the cause is some modelling
      problem, Marco's suggestion may lead to the planarity being
      maintained but may simply mask the root cause. His suggestion will
      also apply globally over the whole structure, not locally on the
      UD1.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>What is the environment around the UD1? Are there any close
      contacts / residues that need to be resolved? What about alternate
      conformations?<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Also, and despite the resolution, is your model (or just the
      UD1)† hydrogenated - this may also have also have an impact on the
      refinement. Note that BUSTER does not use a "riding hydrogen"
      model as refmac does, it includes them in calculation of the
      geometric terms, so these could well be having an impact.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Would it also be possible for you to send us the model / mtz file
      so we can look at this directly.</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Best wishes</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Andrew and Clemens<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 31/01/18 14:41, Ashley Pike wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:96D4B2775AB2BB499763EA2F174A0D7622FE5470@MBX06.ad.oak.ox.ac.uk">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered
        medium)">
      <!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]-->
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        mso-fareast-language:EN-US;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Does anyone have any tips to force buster
          to maintain planarity when refining ligands. I am refining a
          UDP-GlcNAc (UD1) and the N1 of the uracyl base is refining out
          of plane. Using the bigplanes option when generating the cif
          helps a lot but the N atom is approx. 0.1A out of the plane
          (compared to ideal or refmac refined). N1 is in same plane as
          aromatic ring but not with C1 of ribose. How to I increase
          weighting towards geometry for ligand Ė perhaps adding
          something to gelly file to modify overall weight?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Using the latest snapshot version of buster<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Resolution is 3.1A so perhaps I canít
          expect anything better.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">FWIW the cif file used was generated by
          grade from the PDB ligand entry. The cif file itself is fine
          as using to refine in coot or refmac results in maintenance of
          planarity.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Ashley<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Lower buster-refined model shows N1 of
          uracyl ring out-of-plane wrt to C1 atom of sugar on left-hand
          side (top models are coot-idealised and refmac-refined)<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><img
              id="Picture_x0020_1"
              src="cid:part1.BEB35280.2222C89C@globalphasing.com"
              class="" height="218" width="849"></span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">--<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Dr. Ashley Pike<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Membrane Protein Crystallography |
          Structural Genomics Consortium | University of Oxford<o:p></o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
buster-discuss mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss">https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <div class="moz-signature">
        <title></title>
        ----------------------------------------------------------<br>
        <b><font color="#3333ff">Dr. Andrew J. Sharff † </font><font
            color="#3333ff">D.Phil</font></b><b><font color="#3333ff"><br>
          </font></b><font color="#3333ff"><font color="#000000">Research
            Scientist / Software Developer<br>
            Global Phasing Ltd<br>
            Sheraton House<br>
            Castle Park<br>
            Cambridge CB3 0AX<br>
            UK<br>
            Tel: +(0)1223 353033<br>
            Fax: +(0)1223 366889<br>
          </font></font>
      </div>
    </div>
  </body>
</html>