<div dir="ltr"><div>As I approach the end of refinement, I'm attempting to optimize X-Ray weight by setting different targets for bond length rmsd using the -r flag (in the range 0.004 - 0.012) but in all cases, including the default with no -r flag, rms(bond) is converging to about 0.0075. In all cases, the final X-ray weight bottoms out at 1.00.<br></div><div><br></div><div>My startup script looks like this:</div><div>refine -m ../2CsrOqa_69wW4Y1U_cv.mtz \<br> -p buster_08/refine.pdb \<br> -nthreads 4 \<br> -d buster_09a \<br> -nsmall 300 \<br> -r 0.004 \<br> -autoncs \<br> -TLS refine_2-coot-4.pdb_tls.dat \<br> autoBUSTER_FsigF_Pairs="F,SIGF"</div><div><br></div><div>Do I misunderstand the correct use of this option? My usual approach is to use Buster for fast convergence in early stages of refinement, then Phenix for a final round or two to improve model geometry, but I'm trying now to complete my refinement in Buster. Any guidance is appreciated.<br></div><div><br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span><div>--<br></div><div>Kevin Jude, PhD<div>Structural Biology Research Specialist, Garcia Lab</div><div>Howard Hughes Medical Institute</div></div><div>Stanford University School of Medicine</div><div>Beckman B177, 279 Campus Drive, Stanford CA 94305</div><div>Phone: <a value="+16507236431" target="_blank">(650) 723-6431</a></div></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div dir="ltr"><br></div></div></div>