<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>could someone confirm that AdjustModifiedNucleotides option actually works?  IIUC, it is supposed to tell tnt to treat residues that contain proper sugar-phosphate atom names as DNA/RNA.  I have some modified nucleotides and always get Gelly sanity check error telling me that there is bad contact between its P/O3' and preceding/following nucleotide O3'/P.  The issue can be resolved by adding proper LINK records to the input PDB file, but shouldn't this be unnecessary given that AdjustModifiedNucleotides defaults to "yes"?</div><div><br></div><div>Buster version info is 2.10.3  <2018-05-15 01:50:23></div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Ed.</div><div><br></div><div><div dir="ltr"><div>---<br></div><div>I don't know why the sacrifice didn't work. The science seemed so solid.<br></div>Julien XIII, Lord of the Lemurs<br></div></div></div>