<div dir="ltr">Thanks - I suspected that.  There is an option - SequenceFileGeneration - that allows to use pdb2seq instaeaf MakeLINK, but when I do that refine run fails while spitting out a lot of errors about duplicate atoms.  <div><br></div><div>Your suggested method almost works, except that pdb2seq does not recognize DA/DT/DG/DC as nucleotides and leaves them without a type (MakeLINK labels them as dSUGPHOS).  I recall there used to be an issue where I had to use A/T/G/C naming to get proper links, perhaps that was back when pdb2seq was teh default.  Another thing is that pdb2seq still doesn't assign dSUGPHOS to non-standard nucleotide - instead, I get the following comment next to it: "this might be a modified DNA base (consider modifying this sequence file if it is part of a chain)".  Does not seem like the modified nucleotide is "adjusted" by pdb2seq either.</div><div><br></div><div>So here is the method that works without LINK records:</div><div><br></div><div>1. Use MakeLINK to generate sequence file like so</div><div>MakeLINK -p model.pdb<br></div><div>which creates model.pdb.seq</div><div>2. Edit model.pdb.seq to make sure that (i) preceding residue is listed as "... DX <N> dSUGPHOS" where N is the residue number for the non-standard nucleotide - it defaults to "... DX NULA d3'END"; (ii) non-standard nucleotide is listed as "...XXX <N+1> dSUGPHOS"; (iii) following residue is listed as "...DX <N+2> dSUGPHOS".  If I run into this issue too often, it's easy to spin out a simple python script to parse and adjust the sequence file.</div><div>3. Add "-Seq model.pdb.seq" to refine command.</div><div><br></div><div>This works and has the additional benefit in my specific case - non-standard nucleotide is in tow conformations and this way there is no need to define a pair of LINK records.  Of course, the shortcoming here is that sequence file would need to be regenerated if I add anything but waters to the mix.</div><div><br></div><div>Thanks for prompt response!</div><div><br></div><div>Ed.</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Aug 21, 2018 at 5:51 PM ClAuS Flensburg <<a href="mailto:claus@globalphasing.com">claus@globalphasing.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ed,<br>
<br>
On Tue, Aug 21, 2018 at 05:27:08PM -0400, Edwin Pozharski wrote:<br>
> Hello,<br>
> <br>
> could someone confirm that AdjustModifiedNucleotides option actually<br>
> works?  <br>
<br>
it does ... for the helper program pdb2seq. However, the default<br>
method to generate the sequence file within BUSTER is to use the<br>
alternative helper: MakeLINK.<br>
<br>
> IIUC, it is supposed to tell tnt to treat residues that contain<br>
> proper sugar-phosphate atom names as DNA/RNA.  I have some modified<br>
> nucleotides and always get Gelly sanity check error telling me that there<br>
> is bad contact between its P/O3' and preceding/following nucleotide O3'/P.<br>
> The issue can be resolved by adding proper LINK records to the input PDB<br>
> file, but shouldn't this be unnecessary given<br>
> that AdjustModifiedNucleotides defaults to "yes"?<br>
<br>
as an alternative to adding the LINK records you should be able to<br>
generate the sequence file using pdb2seq first eg.<br>
<br>
    % pdb2seq -p model.pdb -o model.seq<br>
    % refine -m data.mtz -p model.pdb -Seq model.seq ...<br>
<br>
but, yes, better would be to have MakeLINK take<br>
AdjustModifiedNucleotides into account too.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
ClAuS (for BUSTER Develpers)<br>
</blockquote></div>