<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
  </head>
  <body>
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Nicolas,</div>
    <div class="moz-cite-prefix"><br>
    </div>
    <div class="moz-cite-prefix">what do you use as input to generate
      the cif with grade, phenix.elbow, acedrg.</div>
    <div class="moz-cite-prefix">A smiles code, sdf or pdb?</div>
    <div class="moz-cite-prefix"><br>
    </div>
    <div class="moz-cite-prefix">I am working with fragments and many
      different ligands.  Smiles code are often the best format to use
      as input. <br>
    </div>
    <div class="moz-cite-prefix">HTH</div>
    <div class="moz-cite-prefix">Best regards, <br>
    </div>
    <div class="moz-cite-prefix">Guenter<br>
    </div>
    <div class="moz-cite-prefix"><br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:1596122433.827330.1612524275413.JavaMail.zimbra@ibs.fr">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
      <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size:
        12pt; color: #000000">
        <div>Dear Buster users, </div>
        <div><br data-mce-bogus="1">
        </div>
        <div>I am struggling in the refinement process of a fluorescent
          protein. This protein is rsEGFP2. pdb code : 5O8A for
          example. </div>
        <div>In my cases, the chromophore (aka PIA). Has a slightly
          unexpected conformation. The problem is I can't refine it
          properly using buster. </div>
        <div>I generate a cif file using several method (phenix elbow,
          using ccp4 and using your servers) no matter the way. Some of
          these cif files can be use by buster, but I face two problems,
          depending of the file, the PIA suffers from sever distortion,
          or reversely is not refined at all. </div>
        <div>To be honnest I try other refinement program (phenix refine
          or refmac) and both looks to interpret the cif file in a
          different way. It means that the PIA conformation looks from
          "fully exploded" to not pure theoretical geometry. </div>
        <div><br data-mce-bogus="1">
        </div>
        <div>If somebody could help me with this cif file generation, I
          will be more than happy.</div>
        <div><br data-mce-bogus="1">
        </div>
        <div>All the best, </div>
        <div><br data-mce-bogus="1">
        </div>
        <div>Nicolas</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <pre class="moz-quote-pre" wrap="">_______________________________________________
buster-discuss mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:buster-discuss@globalphasing.com">buster-discuss@globalphasing.com</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss">https://www.globalphasing.com/mailman/listinfo/buster-discuss</a></pre>
    </blockquote>
    <p><br>
    </p>
  </body>
</html>